สำนักงานสาธารณสุขอำเภอสามชัย เป็นหน่วยงานในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข มีภารกิจเกี่ยวกับ
(1) จัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ
(2) ดำเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ
(3) กำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุข ในเขตพื้นที่อำเภอ เพื่อให้การ ปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการสุขภาพที่มีคุณภาพและมีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ
(4) ส่งเสริม สนับสนุน และประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวง
(5) พัฒนาระบบสารสนเทศ งานสุขศึกษา และการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ
(6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้ รับมอบหมายเพื่อให้บรรลุเป้าหมายและเกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของกระทรวงตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ สป.สธ. กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.2560 ลงวันที่ 8 มิถุนายน 2560